El síndrome de hiperestimulación ovárica es un efecto colateral importante del tratamiento de estimulación de la ovulación. Sólo ocurre en alrededor del 1% de los casos en su variante severa y su tratamiento se basa en la prevención del mismo. Otro efecto importante es el numero de embarazos múltiples, el cual se estima en alrededor del 15% al 30% de acuerdo a las diferentes regiones del mundo.
Los efectos a largo plazo, han sido analizados desde hace mucho tiempo, fundamentalmente con respecto al riesgo de tumores cuya aparición se encuentra relacionada con los niveles de estrógenos y los cuales estarían aumentados como consecuencia de la estimulación ovárica. Estos tumores, que se localizarían sobre todo a nivel de mama, ovario y útero, no presentan una clara relación con la utilización previa de tratamientos de fertilidad.
Existen numerosos estudios que aportan mucha tranquilidad a las personas que necesitan someterse a estas técnicas de Reproducción Asistida para poder conseguir un embarazo, porque el primer embarazo de FIV fue conseguido en 1978 (Louise Brown), y por tanto, el tiempo de observación de pacientes sometidas a estos tratamientos supera los 30 años. En este mismo sentido se manifiesta el Instituto Nacional del Cáncer (USA), que en una publicación del mes de Julio de 2007, pone de manifiesto la falta de asociación entre el empleo de fármacos inductores de la ovulación y la aparición de cáncer. Asimismo, existen varias publicaciones con referencia al seguimiento de los niños productos de la FIV sin reportes de mayores alteraciones y sin diferencia con los niños nacidos de manera natural.
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